之后，征伐朝鲜作战的编制发布了，黑田长政被任命为第三军团的长官。
这个时候黑田如水就被要求隐居了，黑田家的正式家督改为了黑田长政。
随后的四月二十二日，黑田长政的第三军团从日本出发。
黑田如水和黑田长政与第六军团的小早川隆景一起开往的朝鲜。
此次征朝的总司令官是丰臣秀吉的养子宇喜多秀家，当时才二十一岁，而四十多岁的黑田如水则担任参谋。
一开始，日军攻势凌厉。
打下汉城之后的那次防区划分，黑田长政被任命在了汉城南部地区的全州。
这时候，从一开始就反对出兵朝鲜的黑田如水，又一次不合时宜的说话了，他极力想要抑制战火的扩大。
坚决不认同继续北上攻打平壤的命令。
在日本丰臣秀吉察觉到了这一点后，一怒之下命令黑田如水立即回国。
后面的事情大家都知道了，日军继续北上，顺利攻占了平壤。
但是很快的，明军入朝，李如松发动了平壤战役。
之后又疾风扫落叶一般收复了朝鲜的一半领土。
倭军的战况开始恶化。
黑田如水受命再度北赴朝鲜。
但在这次渡朝之后，黑田如水和丰臣秀吉所信赖的三奉行（石田三成、小西行长、宇喜多秀家）产生了激烈的冲突。
事情的起因是这样的：三奉行听说黑田如水又一次抵达了朝鲜，便马上前往他所在的釜山城讨论以后的作战计划。
但这个时候黑田如水正在内室和浅野长政下棋，闻报三奉行来了以后，他只说了一句“等一会儿。”
两耳不闻窗外事，继续与浅野长政下棋。
三奉行一开始在别室里等着，但是后来听出里面传来下棋的声音，又不见黑田如水出来。
盛怒之下就一言不发的起身离开了。
等到黑田如水下完了棋想要见三奉行的时候，却一个人也见不到了。
为了使狂怒的丰臣秀吉原谅自己，黑田如水决定出家，之后剃发，返回日本，住在了寺庙里。
随后，他写下了对嫡子黑田长政的五条教训之书。
又命令弟弟黑田利高和家臣粟山善助将这篇教训状送到了在朝鲜前线的黑田长政手里。
在日本静静等待着丰臣秀吉的裁决。
最终，丰臣秀吉顾念到黑田如水过去的显赫战功，取消了已经发出的要求他切腹的命令，决定不再问罪。
同时，丰臣秀吉也向在朝鲜的黑田长政传话，让他安心作战，不要有后顾之忧。
然而这件事情怎么可能就这么过去？丰臣秀吉他们都不敢惹，可是石田三成这些文官却着实该死。
黑田长政想起这些来就感觉烦闷，他知道自己的父亲没有被赐死，只有一个原因。
那就是自己领着1万2千人的第三军团，如果不是这些士兵在自己手里。
丰臣秀吉才不会轻易放过父亲。
所以这些士兵的命，也是父亲的命，这也是他时刻保持着警惕，即便是其他武将和军团早就不怎么防守了，他仍然要求定期巡防的原因。
看着落日西下，黑田长政感觉有一股凉意袭来。
“母里有信这个家伙，怎么还没回来复命？不会又去喝酒去了吧？”黑田长政皱着眉念叨着。