不过，在次日一早，刑部尚书黄克缵就上了辞官疏。
他虽然是非东林官员，但要让他这个刑部尚书亲自处决那么多士子，他也实在是不敢。
内阁票拟的意见是驳回黄克缵的辞官请求。
而朱由校也同意了，因为这时候那么多要犯要处决，他也来不及更换一个合适的刑部尚书。
但是，朱由校没想到的是，在驳回黄克缵的辞官请求后不久，魏忠贤就突然进了宫，对他禀告道：“皇爷，东厂刚刚得到消息，刑部尚书黄克缵服毒自杀了！”
服毒自杀？
朱由校听到这个消息后十分惊骇。
他没想到黄克缵宁肯自杀也不愿意去处决李三才和那些士子。
朱由校虽然即位以来杀了不少人，但他内心也并非完全漠视生命，当他没有决定处死一个人而这人却因自己而死时，还是会有所触动的。
所以，朱由校将手中的笔摔在了案上：“这个老东西，朕都没有怕，他怕什么！”
“皇爷，东厂还得知一个消息，就是刑部左右侍郎皆已吩咐家人买好了棺材。”
魏忠贤又说了一句。
朱由校听后一愣：“竟有这事？”
魏忠贤点首：“奴婢不敢欺瞒皇爷！”
朱由校听后苦笑起来：“好得很，宁肯不活也不愿意屈从朕，这才是刚烈死谏之臣！”
“皇爷，元辅求见。”
这时候，王承恩来回了一句。
“宣他到内书房里觐见！”
朱由校一般不会随便让外臣进他的内书房，但今天不一样，黄克缵的死和刑部左右侍郎都准备以死抗命的确让他感到了问题的棘手性，他也没想到处置个李三才乃至因为李三才引发的杀闹事士子事件会引发这么多的连锁反应。
方从哲来到了朱由校的内书房，眼含热泪，直接跪在了朱由校面前：“陛下！这是刑部尚书黄克缵刚上的奏本！”
“拿来！”
朱由校说后不久就从王承恩手里接过了奏本，并看了起来。
朱由校只见黄克缵奏本里主要意思就结尾一句话：“上不敢背君旨，下不敢逆人心，臣唯死矣！”
“这应该是他的最后一道奏本了。”
朱由校说了一句，就看向了方从哲：“朕知道你要说什么，想必你也知道了黄克缵的事，朕维持朝纲，杀一个革员，就这么难？元辅，朕还算是天下之主吗？”
朱由校说着就语重心长地问了一句。
方从哲忍不住抽泣起来：“陛下自然是天下之主！可陛下，有些事非人力可为，这次要不您就开恩一次吧，您总不能真要逼得朝中忠良孤臣全部殉国吧，黄克缵这些人都是老成持重之臣，他们这些人如果都没了，那到时候朝堂上就只能是虚伪无耻之辈，而朝堂外之人就真的会与朝廷彻底决裂啊！”
“那李三才呢，说说你的心里话，你觉得他该不该杀，你说实话，朕不会怪罪你。”
朱由校说道。
“该杀！”
方从哲回了一句，然后又道：“但是不能杀！因为他的名望实在是太大了！”