自从来到大明附身于万历之后，他所做的一些事情，已经产生了蝴蝶效应，很多事情，已经偏离了原来的历史轨道。
一些小事，史书上不会记载，万历自然不清楚。但是有两件事，他却记得非常清楚。原本御史傅应祯会以皇城端门兽吻被雷击，天象示警为由。上一份奏疏指责考成法和皇上不听言官的谏言。
这份奏疏让皇上和张居正都十分恼怒。结果傅应祯不仅挨了庭杖，而且还被发配充军。徐贞明等几位同年好友因为去诏狱探望他，也受到牵连而被贬职到外地。
万历给皇城里的建筑安上了避雷针，端门的兽吻没有被雷击。不知道傅应祯是现在学会务实了，还是因为没有了由头。那份奏疏也没有看到他写。
另外，就是大明商团准备出境贸易，派出了到各部商谈的使者。土蛮各部都想争取到与大明贸易的机会，因此也都老老实实的，没有象历史上一样频繁袭扰辽东。
李成梁原本该有的一次辽东大捷自然也就没有了。因此，辽东巡按御史刘台自然也就没有机会抢先向朝廷奏报大捷。因为这是一次越权的奏报，张居正认为御史越权，有违祖制，刘台受到了严厉的申斥。
接下来刘台就上了一道奏疏弹劾张居正。指责他擅作威福，蔑视祖宗法。说张居正口口声声，言必称祖制，但他利用考成法，使内阁的地位凌驾于六部、六科、都察院之上，这本身就是有违祖制。而且奏疏之中还列举了给朱希忠追封为王、引张四维入阁等等事例。
刘台、傅应祯、徐贞明等人，都是隆庆五年的进士，张居正是这一年的主考官，这些人都算是张居正的门生。大明开国以来，还没有看到过哪个门生指名道姓的弹劾自己的老师。
刘台的这份言词犀利的奏疏对张居正的打击非常的大。张居正在朝会上自辩之后，又请见万历，跪在皇帝面前老泪纵横，请求辞职。万历再三挽留，并把刘台削职为民，才把张居正安抚了下来。
现在，这两件事情都没有如期发生。但是引发这一切的深层次矛盾并没有消除。张居正想推行新政，自然不想看到言官御史跳出来反对扯后腿，所以用考成法把六科和都察院都纳入了考核。
各级官吏也非常看不惯御史言官们仗着自己手中的权力，在他们面前趾高气扬，动则辱骂。但是御史言官们，又不甘心手中的权利被限制和削弱。这其实就是一场执政行政和政务监察之间的权力博弈。
万历心里想着：“这些无谓内耗现在没有发生也好，正好可以让自己腾出精力来谋发展。”
从就京西军营和南海子回到乾清宫之后，万历觉得上林苑的发展已经超过了自己的预期。但是怎样安排检验新军的一场演习却让万历煞费苦心。
万历向张维问道：“马芳那边“蓝狐”的招募情况如何？”
“回皇上，据马芳传回的奏报，招募已经完成。现在蓝狐里面不仅有原来的边军老骑兵、当地新招募的百姓、被掳到草原上然后再逃回来的汉人，还有一少部分就是地地道道的北虏。”张维答道。
“那些北虏靠得住吗？”万历好奇的问道。
“那人有的原本是一些小部落的头领家族，他们的部落被大的部落给吞了之后，归附了大明。有的是在部落里犯了事，想要活，所以降了大明。这些人只有两百多人，都是分散安置的，平时也有人盯着，能控制得住......”张维回答得非常详细。