朱由检想求助毛钰，但是也有聪明人劝说他，毛钰如今实际上已经控制了除了云贵川以外的江南大部分，再加上东北辽阔的土地。根本不需要朱由检大方。以前之所以没反朝廷还乖乖递降前两上交是因为没人威胁到大明朝廷。相反大明朝廷在李自成再次崛起之后，如果毛钰封锁长江，大明朝廷实际能够控制的就只有直隶、山东以及半个辽西！再加上过往的种种，朱由检没有资本和毛钰谈判，毛钰也不会替他击李自成。
不过朱由检也知道毛钰的野心，他希望的是毛钰此刻也能出兵来京城，那样李自成和毛钰的也是一触即发，虽然这并不能解决大明朝廷的危局，至少可以狗爷残喘一段时间，再派遣得力人手前往各地唤醒当地乡绅、百姓前来勤王。
但他的最后幻想也螺口了，因为一直到李自成兵困京城，毛钰也没有动。东北没动静，海上没动静，南边也没动静。毛钰追赶者张献忠到开封周王被杀的消息也是及时地传到了京城。所有人都明白现在毛钰和李自成一样都在着急忙慌抢地盘哪里还顾得上京城的大明皇帝。
大顺永昌元年，三月十五日农民军抵达居庸关，监军太监杜之秩、总兵唐通不战而降，同时，刘芳亮率领南路军，东出固关后，真定太守邱茂华、游击谢素福出降，大学士李建泰在保定投降。三月十六日，李自成部过昌平，抵沙河。十七日进高碑店、西直门，以大炮轰城，入午攻打平则门、彰义门、西直门。
一路上大明朝廷的文官武将闻风而降，胜券在握的李自成成功包围京城之后还是没有失去理智。派在昌平投降的太监杜勋入城与朱由检秘密谈判。只不过此刻的朱由检还是没有意识到真正的危险。他提出的条件是封李自成为秦王，允许他割据西北，同时赏赐白银两百万两。要求李自成退守河南。朱由检是有高人出谋划策，但李自成也不是当年那个驿站的卒子。
割据西北已经是既成事实并不需要朱由检承认，秦王和大顺皇帝那个更具有号召力就不说了。朱由检还想李自成帮忙镇守河南，其实就想让他帮忙挡住河南群贼同时牵制江南的毛钰。
李自成也是带着要求来的，他希望朱由检能够南迁，他愿意派兵护送至南京！李自成的目的当然是想让朱由检做挡箭牌扣在毛钰头上。双方的要求都十分离谱没有任何诚意，自然就谈不拢。随后朱由检也开始疯狂了，他下诏封吴三桂为辽王，目的除了让他以及手下卖命抵抗李自成外，还要将水搅浑，牵制毛钰。如此一来大明境内有两个而皇帝，三个王！吴三桂也不傻，一面接受诏令一面却迟迟不肯和李自成对决。他也要看看风向再说，无论是大明朝廷还是李自成或者是毛钰取得最后的胜利，只要他手中有兵就能获得一定的地位。
三月十九日清晨，兵部尚书张缙彦主动打开正阳门，迎刘宗敏所部军，中午，李自成由太监王德化引导，从德胜门入，经承天门步入内殿。此时崇祯带着太监王承恩上煤山瞭望，又返回乾清宫，大臣皆己逃散，到朱由检煤山自缢之时虽然不算是众叛亲离也差不多了。
这些年随着局势的日益严峻，因为不相信文武百官，朱由检还频繁地调整官吏，十几年间他竟然换了17个刑部尚书和50个内阁大学士。造成国家人才匮乏，有心报国的志士既不肯也不敢请缨效命。无奈之下，朱由检只好培植私人势力，重新起用大批太监。与此同时，朱由检虽屡下罪己诏，然苛捐杂税层出不穷，民不聊生，而明末的众多农民起义也正是其贪财苛政最严重的后果。
此外，在辽东战局屡败之时，不纳周皇后迁都之谏而丧失了最后的机会；而从南朱由检的滥杀也日趋严重，总督中被诛者七人，巡抚被戮者十一人。到了关键时刻哪里还有地方官员愿意跟随这位刚愎自用的皇帝。
毛钰虽未穿越者，但也是朱由检率先发难才导致毛钰彻底背离的。当初李自成还没有做大，毛钰还没有进入辽东，毛钰控制了大明沿海，平定了大明东南，却得不到应收的尊重。
当初清军还很强大，朱由检亦知不能两面作战，私底下同意议和。但明朝士大夫鉴于南宋的教训，皆以为与满人和谈为耻。因此朱由检对于和议之事，始终左右为难。大好的机会就这样白白流失，而东巡辽西导致了局势变化，毛钰也不得不提前出手。逼迫孙传庭剿匪，也导致了孙传庭仓促之间失败，以至于李自成一发不可收拾。
大学士李建泰投降，李自成部开始包围北*京，明王朝面临灭顶之灾。明军在与农民起义军和清军的两线战斗中，屡战屡败，早已完全丧失战斗力。
三月十七日，农民起义军围攻京城。十八日晚，朱由检与贴身太监王承恩登上煤山，远望着城外和彰义门一带的连天烽火，只是哀声长叹，徘徊无语。李自成军攻入北*京。太监王廉急告皇帝，崇祯在宫中饮酒长叹：“苦我民尔！”太监张殷劝皇帝投降，被一剑刺死。崇祯命人分送太子、永王、定王到勋戚周奎、田弘遇家。回宫后写下诏书，命成国公朱纯臣统领诸军和辅助太子朱慈烺。又命周皇后、袁贵妃和3个儿子入宫，简单叮嘱了儿子们几句，命太监将他们分别送往外戚家避藏。他又哭着对周皇后说：“你是国母，理应殉国。”周皇后也哭着说：“妾跟从你14年，陛下没有听过妾一句话，以致有今日。现在陛下命妾死，妾怎么敢不死?”说完解带自缢而亡。朱由检转身对袁贵妃说：“你也随皇后去吧!”袁贵妃哭着拜别，也自缢。朱由检又召来11岁的长平公主，流着泪说：“你为什么要降生到帝王家来啊!”说完左袖遮脸，右手拔出刀来砍中了她的左臂，接着又砍伤她的右肩，她昏死了过去。同时也挥剑刺死了自己年仅2岁的么女—昭仁公主。
朱由检又砍死了妃嫔数人，并命令左右去催懿安张皇后自尽。