送走了曹化淳后，朱慈烺开始了对天武军各部进行扩军和武将军职调动。
皇帝的恩典固然要领，可朱慈烺更是要让众人明白，每个人在天武军中的位置，到底是谁说了算！
目前天武军满编是两万人，下辖三个旅、一个军直属重炮团、一个军直属骑兵加强团，皇家第一旅驻扎在武昌，皇家第二旅防守中都并随驾朱慈烺，皇家第三旅驻扎在太平府。
除了天武军，朱慈烺手中还有十八万已经练操数月的屯田兵，还有十几万从滁州府、安庆府、池州府等地正在招募等待分田的。
特别是第一批招募的屯田兵，经过将近一年的训练已经形成了一定的战斗力，上过战场的三四万屯田兵更是已经成长为真正的军士。
朱慈烺决定将上过战场的几万屯田兵充入天武军，天武军扩为三个师，每个师两万人，和之前的配置一样。
三个师的番号为天武军皇家第一师、天武军皇家第二师和天武军皇家第三师，分别由黄得功、孙应元、周遇吉掌管，所有将官根据各自军功升职。
新扩建的天武军，各师的兵种配备，火枪兵占五成，骑兵占三成，炮兵占一成，其余一成是夜不收、医疗兵等兵种。
为了使天武军配置更合威力，充分发挥战斗力，朱慈烺还给每个旅配备了一个固定的辎重旅，负责后勤，不仅要运送军粮，还要保障充足的弹药供应。
辎重旅从屯田兵中选拔优异者，遇到战事随军作战，各旅正兵有伤亡时，即可从辎重旅中选出有军功者补充成为正兵。
天武军所有士兵都使用自生鲁密铳，也就是燧发枪，每个士兵的标配：一支带三棱刺刀的火枪、五十发纸筒定装子药、两颗手榴弹，子药和手榴弹都用一个防水的牛皮包装着。
江南军器总局和凤阳的几个军器局，通过半年的发展，现在每个月稳定生产自生鲁密铳一万支，各种火炮三百门，盔甲五千套，现在存货也有不少，完全够装备四万人的。
除了三个师，天武军原本的军直属皇家重炮团也升级为皇家重炮旅，依然由万俊杰掌管。
皇家重炮旅全部配备重型火炮，其中十八磅红夷大炮三十门，十二磅红夷大炮一百门，八磅红夷大炮二百门，最差的也是大佛朗机炮，并配备二百架迅雷铳，炮兵每人配备一把左轮枪。
原军直属皇家骑兵加强团与曹变蛟的三千骑兵合并为天武军直属皇家骑兵旅，由曹变蛟担任旅帅，原皇家骑兵团团总李少游升职为天武军第二师第一旅旅帅，执掌一旅。
骑兵旅则分为重骑兵和轻骑兵两种，不过天武军的重骑兵和传统的重骑兵慨念不同，重骑兵所穿的盔甲和轻骑兵差不多，只是胸甲略厚一些，战马的正面、头部和颈部都装上铁甲，这样重骑兵同样拥有很强的机动和速度。
所有骑兵都配置一支燧发枪、一支带护手盘的长矛、一把马刀、一支左轮手枪、一颗手榴弹。
朱慈烺还让凤阳总兵杨御蕃按照天武军的标准单独成军，从屯田兵中选拔士兵组建一支两万人的军队，军队番号为安武军。
在庐州守城战中，杨御蕃手下两万守军几乎全军覆没，他誓死不降，让朱慈烺很重视，在与之交谈了一日后，决定将他收入账下。
随后，朱慈烺又对军法部进行了整改，在军法部正式成立一支法务军，相当于后世的宪兵队。
天武军成立至今，之所以能取得赫赫战功，其中很大的因素是因为军纪严明、秋毫无犯，朱慈烺清楚，随着军队的扩大和组成复杂，在军队内部，也同样需要一个监查机构，来管理监督军队的违纪行为。
军法部之前人员并不多，在各团只有几名军士监督，力度明显不够。